C’est en décembre 1900 que des marins contactent les garde-côtes car le phare des îles Flannan n’est pas allumé. On découvrira plus tard que les gardiens ont mystérieusement disparu…


C’est le 15 décembre qu’un navire passant de Philadelphie vers Leith se rend compte que le phare est éteint malgré les mauvaises conditions climatiques. L’équipage signalera aux autorités le 18 décembre. Le navire de relève du phare, ne put quitter le port comme prévu le 20 décembre en raison du mauvais temps ; il n’atteignit l’île que le 26 décembre à midi.


Dans le phare, il y a trois gardiens, James Ducat, Thomas Marshall et Donald McArthur. À leur arrivée, l’équipage et le responsable des secours ont constaté que la hampe du drapeau n’avait pas de drapeau, que toutes les boîtes de provisions habituelles avaient été laissées sur l’embarcadère pour être réapprovisionnées, et plus inquiétant encore, aucun des gardiens de phare n’était là pour les accueillir.


Ils envoyèrent une chaloupe et Joseph Moore, le gardien des secours, est débarqué seul. Il trouva la porte d’entrée de l’enceinte et la porte principale toutes deux fermées, les lits défaits et l’horloge arrêtée. De retour à l’embarcadère avec cette triste nouvelle, il remonta ensuite au phare avec le second et un marin. Ils découvrirent que les lampes avaient été nettoyées et remplies. Ils découvrirent un seul ciré sur les trois montrant qu’un des gardiens était sorti sans le sien .Le seul signe de quelque chose qui s’était mal passé dans le phare est une chaise renversée près de la table de la cuisine. Il n’y avait aucune trace des gardiens, ni à l’intérieur du phare ni ailleurs sur l’île. L’horloge était arrêtée et tout laissait penser qu’il y avait eu un drame une semaine avant.


Dans le journal du phare, on peut lire :

le 12 décembre, Thomas Marshall écrivait à propos de « vents violents que je n’ai jamais vus depuis vingt ans ». Il a également signalé que James Ducat avait été très silencieux et que Donald McArthur pleurait. McArthur était un marin vétéran avec une réputation d’être un homme dur, il serait donc étrange pour lui de pleurer en réponse à une tempête.


Le 13 décembre, le journal indiquait que la tempête faisait toujours rage et que les trois hommes étaient en train de prier. C’était également étonnant, car les trois hommes étaient des gardiens de phare expérimentés qui savaient qu’ils se trouvaient dans une structure sécurisée à quarante-cinq mètres au-dessus du niveau de la mer et auraient dû savoir qu’ils étaient en sécurité à l’intérieur.


En outre, aucune tempête n’avait été signalée dans la région les 12, 13 et 14 décembre.


Le 15 décembre : ‘Tempête terminée, mer calme. Dieu est au-dessus de tout. »


D’après les preuves les autorités furent convaincus que les hommes étaient en service jusqu’à l’heure du dîner, le samedi 15 décembre, et qu’ils sont allés chercher une caisse dans laquelle les cordes d’amarrage ont été conservées.Il semble que les hommes aient sécurisé dans une crevasse dans le rocher à environ 34 m au-dessus du niveau de la mer, et qu’une forte marée s’est précipitée sur la paroi du rocher, est passée au-dessus d’eux et est descendue avec une force immense, et les a balayés complètement.


James Ducat et Thomas Marshall étaient descendus sur le débarcadère ouest et que Donald McArthur avait quitté le phare alors qu’il était en chemise. Il a été noté que quiconque laissait la lumière en dernier et sans surveillance enfreignait les règles de NLB. Il a également été noté que certains des dommages causés à l’embarcadère ouest étaient très endommagé. Il y avait donc eu une tempête même si elle n’avait pas été annoncée par les prévisions. Ou bien quelque chose avait détruit l’embarcadère. Dans tous les cas les dégâts étaient énormes.

Même si cette explication rassura les familles, elle n’explique pas tout. En effet pourquoi les hommes sont-ils sortis durant une tempête sans raison valable. De plus, pourquoi l’un d’entre eux était sorti sans son équipement? Comment se fait-il que ces hommes qui étaient des marins et des gardiens expérimentés aient paniqué à cause d’une tempête alors qu’ils étaient en sécurités dans le phare? Qu’est-ce qui avait détruit l’embarcadère?

Certaines personnes ont tenté d’expliquer qu’un monstre marin aurait attaqué et tuer les hommes. On pourrait penser à d’obscures créatures venues du fond de l’océan (Cthulhu ou des profonds qui sait…) pour d’autres, il pourrait s’agir d’un enlèvement par des extraterrestres.

Une autre hypothèse plus sérieuse serait que MacArthur aurait été un personnage instable ; cela a peut-être provoqué une bagarre autour du bord de la falaise près de West Landing, qui a provoqué la mort des trois hommes. Selon une autre théorie, l’un des hommes serait devenu fou (peut-être que MacArthur, comme en témoigne son départ du phare sans son vêtement de pluie et son comportement étrange documenté dans le journal de bord), aurait assassiné les deux autres, jeté leurs corps à la mer, puis a sauté dans sa propre mort.

Les corps n’ont jamais été retrouvés et on ne sera sans doute jamais ce qui s’est passé dans le phare. Il ne reste que les troublantes notes écrites dans le journal qui laisse planer une explication plus terrifiante…